睡醒之后两个肩膀疼的原因如下：
1.多数是由于睡觉时落枕而导致。落枕时可以出现一侧，或两侧肩膀急性肌肉的损伤，而出现肩膀处肌肉的疼痛。同时，可以出现肩部、颈部明显活动受限。
2.由于肌筋膜炎而导致。比如劳累时，可以出现双侧的肩膀及筋膜的炎症，而导致睡醒之后两个肩膀疼的症状。
3.由于受风着凉而导致。受风着凉可以使两侧肩膀的筋膜，出现急性的炎症反应，而出现双侧肩膀的疼痛。可以口服消炎止痛的药物以及微波理疗，同时注意保暖等方法给予相应的治疗。