胃内隔膜的症状取决于隔膜孔的大小。
如果隔膜孔较大可以通过食物时，没有明显的临床表现。如果隔膜孔较小或者继发了炎症感染导致粘膜水肿，使隔膜孔变小了，有可能会出现梗阻症状，表现为呕吐。出生后不久就会出现呕吐而且呈喷射性呕吐，没有胆汁以及血液。部分患者可能会出现进食后腹痛，呕吐后症状可以缓解，可能会伴有食欲下降以及体重减轻。
通过x线检查或者是钡餐造影，可以明确该疾病的诊断。如果有明显的临床表现，可能需要进行手术治疗。