肠外瘘主要表现是有肠内容物自瘘口流出，流出物的性质和容量取决于瘘口发生的具体部位以及瘘口的大小。
如果是十二指肠瘘，流出物通常会含有胆汁、消化酶的稀薄液体，流出量通常较大，并且如果在进食时可看到食物从瘘口流出，瘘口周围皮肤通常会有糜烂、潮红。如果为空肠瘘流出为黄色稀蛋花样液体、无胆汁，虽然症状较轻但病情仍较重。
根据相关病史、瘘口的排出物性状，结合相关辅助检查如口服亚甲蓝、x线钡剂等，明确诊断以及确定瘘的大致位置。