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肠瘘一般是由于患者自身的疾病状态，而导致的肠腔和腹腔内的器官，或者是腹腔外相通。肠穿孔往往是由于肠管的基础疾病引起的。急性的肠穿孔引起的瘘，并不是常提到的肠瘘。还有一种肠瘘是由于医源性，比如进行了肠镜检查，还有肠切除、肠吻合手术，肠管愈合不良，甚至出现肠管破损的，就属于医源性肠瘘。但是多数的肠瘘和肠穿孔是由于患者的疾病状态。比如炎性肠病、肠道肿瘤，或者吞食异物，这种情况下导致肠管的连续性破坏或者肠道的穿孔而引起的肠瘘。消化道穿孔长时间未愈，也会引起肠瘘。
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