一般是不会癌变的。扁桃体结石是由于扁桃体的慢性炎症陷窝内的分泌物阻塞了陷窝形成脓栓、结石。引起的是一种慢性炎症的表现，所以一般不会癌变。
但是长期的慢性刺激可以引起风湿、风湿性关节炎、肾小球肾炎等疾病。如果有扁桃体结石，建议到正规医院的耳鼻喉科进行结石取出。反复取出，仍然复发，可以考虑扁桃体切除手术彻底去除结石，现在一般都采取全麻下行扁桃体的切除术。
另外，长期的慢性炎症刺激也是扁桃体恶变的一个因素，所以建议扁桃体结石一定要及时处理。