手术治疗肾结石大部分不会存在后遗症，但有一部分患者会出现后遗症。其实，任何手术都有风险，无论手术的大小，都可能出现并发症。
目前肾结石的手术方式，主要有以下2种：
第1种，输尿管软镜取石术，主要是针对结石小于2.5厘米，且位于输尿管的中上盏，其后的并发症主要有泌尿系统感染、结石残留复发，输尿管狭窄，最严重的并发症是感染性休克。
第2种，是经皮肾镜碎石取石术，该手术的并发症较多，主要是肾出血，可以采用压迫止血、动脉栓塞术、肾脏切除术等。