药物治疗肾结石有没有后遗症，主要是根据结石的大小以及患者的具体病情而定的。
如果目前结石比较小，结石直径小于0.4厘米，通过药物排石能够完全排出体外，不会遗留明显的后遗症。
但如果肾结石比较大，而且多发单个结石直接大于0.6厘米，通过药物治疗容易造成结石排出不干净，引起结石复发或不断增长，引起肾功能减退等不良的后遗症，这种情况需要采取体外碎石、超声波碎石或输尿管镜碎石取石术治疗。