慢性肠炎需要做的检查，有体格检查、实验室检查以及相关的影像学检查。部分患者还可能需要做电子内镜的检查。
每个患者的疾病临床表现不同，可能需要做的检查也有所不同。假如患者慢性肠炎症状较为严重，并且反复出现呕吐、腹泻等症状，有出现脱水等症状时，需要给患者做血气分析以及电解质的检查，也需要做肝肾功能的检查。
为了排除是否有肠道的器质性病变，还可能需要给患者做X线钡餐检查，或者是腹部立位平片检查。