肠穿孔的发生原因，主要就是分为内在的因素，另外就是由于外来因素的影响。
内在的一些因素，主要就是指的肠管有自身的病变，比如有消化性的溃疡，特别是有克罗恩病以及溃疡性的肠炎存在的情况下，可能会发生自发性的穿孔。肠道内会有憩室或者是肠道肿瘤，或者是有肠系膜发生了缺血性的疾病，都可以导致肠穿孔的发生。一些绞窄性的肠梗阻，或者是有嵌顿疝等，都可以发生自行的肠穿孔。
另外，就是一些外来的因素，比如有外伤的因素，由于肠道突然受到了外力的撞击或者是直接的暴力，可以发生肠穿孔。在肠镜检查的过程当中，或者是肠镜下进行息肉切除的过程当中，也可能会有肠穿孔的发生。