晨起腰疼多是由于夜间的睡姿不正确，腰部肌肉长时间受压或牵拉过度后，造成劳损、伤害，引起疼痛。
另外，如果伴有腰椎疾病，如椎间盘突出后髓核会压迫周边组织造成疼痛症状，夜间由于身体血液循环效率降低，局部的血供不足就会造成疼痛加重，加之夜间腰部着凉也会造成晨起后腰疼。患有强直性脊柱炎，也会引起晨起腰疼、僵硬症状。如果是男性，还会因肾气亏虚造成晨起后腰疼。
如果长期出现腰疼，则要就医查找原因进行干预治疗。特别是椎突的患者，要减少弯腰持物、多进行休息，做好夜间的睡姿调整和保暖。