核磁共振是否可以查出腰痛的病因，需要根据具体情况来考虑。
如果是腰椎间盘突出、膨出、腰椎管狭窄、腰椎结核等腰椎相关疾病的，腰椎核磁是可以明确诊断的。但是如果是腰肌劳损、梨状肌综合征等疾病导致的腰痛，核磁是查不出来的，需要根据患者的症状和体征来明确诊断。另外腰痛的患者也可能是其他脏器病变引起的，比如像常见的肾结石、心肌梗死、胆囊炎、胰腺炎、腹主动脉瘤等疾病也可以出现腰痛的症状。
所以，如果有腰痛的症状，建议在专业医师查体的基础上，选用相应的检查项目来明确诊断。此外，从中医角度来讲，腰痛的病因也包括肾虚、痰浊、瘀血、寒湿、湿热等因素，所以也可以在疾病稳的定期，寻求中医药来进行调理。