核磁共振应用非常广泛，所以能够检查出很多的疾病。比如做头部的核磁共振检查能够判断患者是否有脑梗塞、脑部的血管性病变、脑部的外伤、脑部的占位性病变或者是炎症性病变。
做乳腺的核磁共振能判断患者是否有乳腺的占位性病变，并初步判断占位性病变的性质。做腹部的核磁共振检查能够判断出肝脏、脾脏、胆囊、胰腺以及肾脏等的相关疾病。
做脊柱的核磁共振检查能够判断是否有间盘突出或者是肿瘤，并且能够判断相应的病变与神经和血管的关系。