支原体、衣原体阳性有可能自愈，但不是所有的患者都能自愈，与自身免疫力、病情严重程度及健康状态密切相关。
如果平时身体状态良好，自身免疫力较强，且支原体、衣原体感染病情较轻。由于体内自我防御机制发挥作用，单核巨噬细胞系统激活可清除侵入体内的支原体、衣原体，这时患者可自愈。
如果一般情况较差，免疫力低下或支原体、衣原体感染病情严重，或有明显的临床症状而严重影响生活质量，这时需要积极予以大环内酯类抗生素抗感染治疗。