目前对肾小管间质性损害尚无特异和有效的药物治疗，治疗多为对症和支持治疗。对有明确病因的患者，应首先祛除病因，如停止继续使用对肾脏有毒性的药物或脱离对肾脏有损害的环境，对存在原发病的肾小管间质性肾炎特别是活动性原发病，首先要给予强有力的药物治疗，控制住原发病，对有尿路梗阻、尿液反流等疾病患者，必要时予以手术治疗。
加强支持治疗，避免各种对肾脏有损伤的因素，使已出现的肾小管间质损害逐渐恢复。对急性过敏性间质性肾炎，有学者主张应用激素治疗，认为可有效的缩短肾脏功能恢复时间，但由于大多数药物过敏性间质性肾炎在停药物后，予以对症、支持治疗即能较快恢复，因此是否使用激素应当权衡利弊。急性肾小管间质性肾炎的预后一般良好，大多数为可逆性病变，但有少数患者可遗留肾损害，甚至发展为终末期肾衰竭。