亚麻籽的副作用是不能食用过多，怕造成肠道堵塞，要科学服用。
亚麻籽不能生吃，因为生的亚麻籽里含有一种叫硫氰酸盐的物质，过度食用，这种物质就会积累，会伤害人体的甲状腺功能，会造成一些疾病。亚麻籽的禁忌就是肠胃差的人、有乳腺疾病的人不能服用，还有口服避孕药的女性不能服用。
亚麻籽不能高温翻炒，太高的温度破坏其中的营养物质，还不能长期存放，容易变质、腐化，造成营养物质流失。正确掌握亚麻籽的吃法，才不会出现身体不适，不会对健康造成影响。