巴戟天的功效为补肾阳、益精血、强筋骨、祛风湿。
巴戟天其性微温，温润不燥烈，所以可以用于肾阳虚导致的阳痿、不孕、月经不调、腹冷痛等疾病。巴戟天归经为肝肾经，结合其味甘的特点，能够补阳益精，治疗因肝肾不足导致的腰膝疼痛、风湿骨痹等症。另外，其味辛，有祛风湿之效果，所以可以治疗风湿、脚气、水肿。
因为巴戟天性温味辛易伤阴，故阴虚火旺以及湿热者忌用。现代研究表明，巴戟天内含有蒽醌类化合物，久服或者大量服用可能导致大肠黑变病。