肛周脓肿手术后，有可能会引起肛门括约肌功能异常、肛门狭窄，以及术后复发等风险。
肛周脓肿是肛门周围软组织的急性化脓性炎症，可以引起肛门肿痛、直肠坠胀感，以及发热等全身症状，是由于肛隐窝发炎化脓引起的周围组织炎症，任何的保守治疗措施均不能治愈，手术是唯一可以根治的治疗方式。手术时要将脓腔充分的敞开，脓液充分引流，将发炎的肛隐窝破坏，才能达到根治的目的。
手术后有很小的概率，会引起肛门变形、肛门括约肌功能异常，也可能会因为术后瘢痕挛缩，导致肛门狭窄等风险。