肛周脓肿的手术有风险，但是肛周脓肿的手术风险比开胸、开腹、开颅的手术要小很多。肛周脓肿的手术持续时间短，损伤的组织少，出血量也不多，所以风险比较小，过后的并发症也很少，甚至是没有。
如果没有糖尿病、冠心病、高血压等慢性基础性疾病，青壮年的患者完全可以放心大胆的进行肛周脓肿的手术。
即使有上述基础性疾病也不用担心，完全可在内科干预的情况下控制好基础性疾病，使手术风险降低到正常范围内。也可以进行手术，常用的手术方式有肛周脓肿切开引流术。