肛周脓肿属于肛肠科常规的手术，手术创伤也并不大，所以几乎没什么风险。但任何的手术都有一些意外的情况，比如手术时需要麻醉，麻醉会有一定的风险。
还有肛周脓肿手术切口大多是开放的，如果脓腔局部有腐蚀血管的，也有可能在术后出现出血。还有一些高位的肛周脓肿，如果在手术时手术方法不当，有可能损伤过多的肛门括约肌，会造成术后肛门失禁。
所以患者出现肛周脓肿时，手术还是应选择公立、正规的医院找肛肠专科的医生，这样才能减少风险的发生。