如果肛瘘瘘管的外口发生闭塞，可能会导致肛瘘瘘管的堵塞。另外肛瘘瘘管肉芽组织如果有增生，也可以导致瘘管的堵塞。一些比较小的粪块自内口进入到瘘管，也可以发生肛瘘瘘管的堵塞。
如果肛瘘的瘘管有堵塞，由于引流不通畅可能会出现再次的感染，甚至是出现化脓，再次成为肛周脓肿的状态。肛瘘的瘘管如果有堵塞的情况，还是要及时进行对因对症的治疗。
肛瘘属于感染化脓性的疾病，如果反复发作会严重影响到患者的健康和生活，会对肛门周围的肌肉组织产生一定的损伤和破坏，所以诊断明确之后建议早做手术的治疗。