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肛瘘是感染性疾病，主要原因肯定是有感染源。肛门是消化道末端，易藏污纳垢，如便秘容易造成肛管的损伤，就直接导致隐窝区域，比如肛窦损伤。腹泻易造成分泌物或肠道的微生物堵塞肛隐窝，造成局部感染，局部感染以后，细菌繁殖通过肛腺穿透肛周的皮肤、括约肌及不同的间隙，造成区域感染，进一步加重，比如穿透皮肤，形成脓肿破溃，往往就造成内外有通道的病理性管道。迁延日久就会形成病理性瘘管，变成肛瘘。根据瘘管的走形不同，还有外口、内口的数量，来区分单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。
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