常吃酵素梅子对身体可能会产生不利影响，比如会影响正常的胃肠功能，导致营养吸收欠佳等。
有时还会影响正常的肠蠕动，造成排便次数增多、便稀等。虽然酵素梅子含有丰富的维生素以及微量元素，有消食开胃、润肠通便、美容养颜的作用，但是进食也要适量。
另外，如果平时患有胃肠道疾病的人群，也可以根据自身情况少量进食，不要长时间或者过量进食，以免梅子当中的酸性物质会刺激胃肠黏膜，不但会引起反酸、恶心、呕吐，还可能会造成消化性溃疡的发生。