儿童甲状腺炎的治疗主要是使用药物的方法缓解症状，也需要结合临床症状选择合适的药物，治疗效果更佳。
需要注意的是一旦确诊为甲状腺炎，还需要对甲状腺功能进行检测。如果出现甲状腺功能减退的症状，还需要及时应用激素治疗，有利于甲状腺炎的恢复，常用的激素药物主要有泼尼松龙、强的松龙，在服用药物的同时要定期对病情进行监测。
如果病情出现好转，可以逐渐减少药物的量。停药之后的3~5年之内，要定期对患儿进行甲状腺功能检测，避免甲状腺炎的复发。