新生儿黄疸能否注射乙肝疫苗主要看宝宝有没有发热，肝功能损害或有没有合并其他严重的疾病。如果仅仅得了黄疸，没有其他问题的话，可以放心注射乙肝疫苗。
注射乙肝疫苗是控制乙肝最有效的措施之一，宝宝出生后24小时内，要尽早接种第一次乙肝疫苗，以避免乙肝病毒感染的危险，而宝宝一个月时得注射第二针，最后的第三针则在6个月时。可问题就出在有些宝宝在满月的时候，黄疸还没退，一般医生不敢打，是因为他无法判断宝宝的黄疸是由什么原因导致的。
如果是病理性黄疸，比方说宝宝已经患有乙型肝炎，或者携带乙肝病毒，这个时候是不需要打乙肝疫苗的。有些宝宝更是完全不能接种乙肝疫苗，因为乙肝疫苗是经过处理，或通过基因工程技术自备的乙肝病毒表面抗原，他的主要作用是诱发机体产生保护性抗体，从而预防乙肝病毒的感染。
这个反应本来是很安全的，受种者不会因此患上乙肝，但有的宝宝身体可能反应过度，甚至诱发或加重某些原有的疾病。因此如果宝宝对疫苗中的任何成分过敏，或者之前就发生有乙肝疫苗过敏的情况，那就不需要再接种。另外有发热、肝炎、急性感染或其他严重疾病的宝宝，可以暂缓接种，待痊愈后再补种。免疫缺陷的宝宝，应该视为乙肝疫苗接种的禁忌症。