患有多动症的儿童在学校活动和家庭生活中，通过使用药物得到了帮助，但是这些药物可能引起一系列的副作用，包括生理和情绪方面的副作用。
一般常见的有睡眠问题。用于治疗多动症的最常见的药物类型是兴奋剂。这些药物可以增加大脑中称为多巴胺和去甲肾上腺素的化学物质水平，这可能导致孩子难以入睡，尤其是在第一次开始使用时。某些孩子使用非兴奋剂类药物，如可乐定，这些药物可能产生相反的作用，让孩子在白天感到困倦。尽可能的在睡前服药或者将其分为两次，服用可能会有帮助。
第二种是疼痛和恶心。孩子在开始使用某些新药时，可能会出现轻微的头疼、腹痛或者甚至感到胃部不适。这些副作用通常会在几天或几周后消失。
三是食欲的减退。如果孩子使用兴奋剂类药物，那么在用药的几个小时内，常会很少或根本不想吃东西。
四是易怒或情绪的低落。只要孩子的体内存在药物，药物的作用就会持续存在。根据药物的配方作用时间可能带4到12小时之间。当药物失去作用时，孩子可能会有一段显著的“反跳”期，在这段时间内通常会在晚餐时或就寝时脾气暴躁。
五是昏厥和头晕。除了嗜睡和易怒外，非兴奋剂可乐定可能会引起心率和血压的骤降，进而引起昏厥和头晕。如果突然停药可能会发生血压迅速升高，所以在咨询医生前，请勿自行停药。
六是生长的变化。由于早期出现的食欲减退和多巴胺增多，有人担忧兴奋剂会影响孩子的生长，包括身高和体重，但是这种影响如果有的话，似乎是暂时的。
还有一些是严重的副作用，但比较罕见。比如出现幻觉、自杀的想法、人格改变、抽搐，以及心脏问题、肝损害等。