肛拭子采样之后一般不需要主动进行消毒，可以使用温水或者是温盐水对肛门的局部做简单清洗。另外，也可以使用稀释的高锰酸钾溶液对肛门局部做简单清洗。
肛拭子的采样一般是无菌的拭子进行肛门局部的蘸取，所以不会发生交叉的感染，也不会发生传染性的疾病。肛拭子的采样主要的目的就是提高新冠病毒的阳性检出率，是作为咽拭子的补充检查。
肛拭子采样主要就是使用无菌的棉签，对肛门局部的黏膜组织皮肤以及肛门褶皱内的分泌物进行蘸取，然后进行检查，所以操作的过程当中不会导致局部发生感染。