新冠肺炎的肛拭子检测比较简单，检测人员会将采样拭子深入患者的肛门2~3cm，或者在肛门的周围进行采样，如果被检测者正好有大便，也可以将大便的标本送去检测，看有没有新冠病毒核酸。
与咽拭子检测相比，只是采样的部位不一样，其他的过程相同，检测结果可以在12小时内出具。
目前肛拭子的检测更适用于重点人群，比如在发热门诊当中高度怀疑新冠肺炎的人群，密切接触人员，有消化道症状的人员等。肛拭子检测并不会比鼻咽拭子的检测过程难受，但可能会存在尴尬等心理上的不适。