胃肠道间质瘤的症状主要还是取决间质瘤的位置及大小决定的。一般小的间质瘤几乎是无不适的症状，主要还是在无意中体检发现的。
但是对于较大的间质瘤是可以出现进食后饱胀不适。如果间质瘤位于贲门处可以出现进食梗噎及吞咽困难，间质瘤位于幽门处是可以出现恶心、呕吐的症状。对于该疾病主要采取超声胃镜检查证实。
一经发现存在胃肠间质瘤，治疗上首选需要采取手术治疗为主，术后的病理证实间质瘤的恶性程度。对于高度恶性的间质瘤术后需要采取格列卫药物治疗的。