宝宝便秘的病因，大体可分为两大类，功能性便秘和器质性便秘。
功能性便秘可能与宝宝饮食结构相关，进食不足或者进食成分中糖量不足，饮食的食物中所含的纤维素比较少，导致肠道蠕动减慢从而出现便秘。月龄大的宝宝需要养成定时排便的习惯，如果没有养成，可能会出现便秘情况。
另外，病理性便秘常见于先天性甲状腺功能低下、肠梗阻、先天性巨结肠等。需要结合患儿症状、体征以及辅助检查明确病因，采取针对性治疗措施。