抑郁症药物的副作用存在差异，但以神经系统异常表现为多见。
治疗抑郁症的药物种类不同，故而所引发的副作用也存在差异，但仍存在一定的临床共性，如失眠、头痛等症状。此类表现是由于中枢神经系统异常所致，故而此类症状较顽固，同时还可以伴见双手颤抖，持物困难等不同程度的症状。
其次，长期服用治疗抑郁症药物可能会引发恶心等消化道不良反应，故而视情况需加用保护胃黏膜等药物。部分患者可见药物过敏反应，需立即就医处理，严重者应立即更换药物，以免危及生命。