胃食管反流症的原因，分为食管胃酸反流屏障的功能障碍以及食管清除功能异常，也有可能是胃酸分泌过多。
胃食管反流屏障功能障碍，主要考虑是食管下括约肌功能的异常，同时也与患者长期食用高脂肪的食物，以及口服钙通道阻滞剂，胆囊收缩素等药物有一定的关系，这些因素都可能会导致食管下括约肌的松弛。
食管清除功能异常，主要是因为胃酸反流入食管以后，食管没有及时地清除反流入食管的胃酸，导致食管黏膜受损。部分有胃炎的患者，胃酸分泌过多以后，有可能会导致胃酸反流入食管。