做电子肠镜前，医生会和患者进行谈话和签字，包括检查时可能发生的并发症，了解患者的病情，有无做肠镜的禁忌证，既往有无腹部手术史等。
肠镜检查前肠道准备也很重要，肠道准备不好，有残留的粪便容易漏诊，一些早期肠道肿瘤可能不被发现。
肠道准备常用的药物是复方聚乙二醇电解质液，肠镜检查前口服，口服后直到解出水样便，无粪渣，即可开始检查，个别患者肠镜检查前需要给予镇静药或解痉药。