做电子肠镜一般需要10余分钟的时间，具体时间因人而异。做电子肠镜时需要将肠镜从肛门口插入，直至进镜到回盲部，然后边退镜、边观察。普通电子肠镜检查如果没有取活检，一般需要10余分钟的时间。
但是，每个人的肠道情况不一样，有的人肠道容易进镜，有的人肠道不容易进镜，有的肠道准备比较好，有的肠道准备比较差。肠道准备差的人群，做电子肠镜的时间相对长。有的人配合比较好，有的人配合欠佳，配合好的人做电子肠镜时间相对短。
如果退镜过程中发现有病灶需要取活检，还会延长操作时间，取的活检越多花费时间越长。