做电子肠镜检查的时间，一般要在几十分钟到数小时不等，具体的还是取决于患者进镜是否困难。
另外，也和患者的个人体质有一定的关联，比如有肠粘连的患者，或者是有腹部手术史的患者，或者是下腹部过于肥胖的患者，或者是体形比较瘦长的患者，或者是有结肠冗长存在的患者。相对，电子肠镜检查的时间会长一些，主要就是由于进镜相对困难。
另外，电子肠镜检查的时间，也取决于操作者的熟练程度和经验。电子肠镜检查，如果发现了异常的存在，比如有息肉的情况下，需要进行息肉的切除，相对检查的时间也会比较长。