做肠镜检查所需要的时间，受多种因素的影响，不能一概而论。
首先，是病人的原因，如果肠道紊乱、乙状结肠变长或横结肠下垂，病人腹部已经手术，出现肠粘连，一般情况下，做肠镜检查所需要的时间比较长，大多是20分钟或半小时，有的可能在1小时内完成。如果患者肠道准备良好，排便通畅，一般3-5分钟即可到达回盲部，观察后约6分钟和10分钟，即可完成肠镜检查。
做肠镜需要的时间，跟操作人员也有关系，初学人员做肠镜检查一般需要40分钟到1小时，有经验的操作人员大约需要10分钟。