肛瘘并不是患有痔疮引起的。肛瘘为感染性的疾病，而痔疮并没有感染，是由于直肠黏膜下血管或者肛门皮肤下血管出现病理性曲张所导致的。
临床上绝大多数的肛瘘都是由肛周脓肿引起的，是由于肛周脓肿自行破溃或者经手术单纯的切开引流后所产生的后遗症。
以前认为肛周脓肿和肛瘘是两个不同的疾病，而目前的理论认为肛周脓肿和肛瘘是同一疾病的两个不同阶段，肛周脓肿为急性感染阶段，而肛瘘为慢性感染迁延阶段。