西医认为肛瘘是肛管直肠周围脓肿的后遗症，起引起的原因主要有下述几种：
一、直肠肛管周围脓肿，是形成肛瘘的最主要原因，95%以上的肛瘘皆由此引起，系由粪便污染滞留肛隐窝产生肛腺炎引起。
二、直肠肛门损伤，由外伤、吞咽骨头、金属、肛门体温表，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起局部化脓感染。
三、肛裂反复感染可并发皮下瘘，还有结核、会阴部手术、溃疡性结肠炎、克罗恩病、直肠肛管癌等均可导致肛瘘。
上述病因描述均不存在痔疮引起肛瘘的说法。