癫痫和晕厥这两种疾病，均可表现为短暂性意识丧失，在临床上常常需要进行鉴别诊断。两者的不同有以下几个方面：
第一，疾病的概念不同。癫痫是一种慢性反复发作性短暂性脑功能失调综合征；而晕厥是因为全脑缺血导致的一种发作性短暂性意识丧失综合征。
第二，临床表现不同。癫痫在发作时，多表现为肢体抽搐、两眼上翻、口吐白沫，由于缺氧可有面色青紫，可伴有二便失禁和口舌咬伤等症状，任何体位均可发病。而且，多在睡眠中发病，可有神经系统定位体征，发作后多伴有较长时间的意识模糊，发作后脑电图检查多有异常。而晕厥多表现为短暂性意识丧失，由于缺血可有面色苍白，通常发生在站立位，多以白天发病为主，很少发生肢体抽搐和二便失禁等情况，发作后意识很快恢复如常，多无意识模糊，也无神经系统的定位体征，常有心电图异常和心脑血管疾病的表现。
第三，治疗方法不同。癫痫以抗癫痫药物治疗为主；而晕厥主要是病因治疗和扩充血容量，增加脑供血治疗为主。