脑梗死的治疗一般以药物治疗为主，但是如果符合手术适应证，也可以考虑手术治疗。
例如，由卵圆孔未闭这种先天性心脏病引起的脑梗死，首先，推荐抗凝治疗，如果存在抗凝治疗禁忌证，可给予下腔静脉滤器手术治疗，如果同时伴有深静脉栓塞，可行卵圆孔未闭封堵术治疗。
如果脑梗死是由烟雾病引起，应首先考虑颅内外血管重建术治疗。如果是大动脉粥样硬化引起的脑梗死，合并有同侧颈动脉颅外段狭窄超过50%以上，可以在发病后半年内行颈动脉内膜剥脱术或颈动脉支架植入术等治疗。
如果脑梗死合并有椎动脉颅外段、头臂干，或锁骨下动脉狭窄等，在药物治疗无效的情况下，也可以考虑支架植入术治疗。