睡醒后脑勺疼可能是睡眠质量不佳、颈椎病、感冒等因素所引起，应明确原因，然后进行相应的处理。
如果存在睡眠不佳的情况，主要是对睡眠质量进行调整，比如改变周围的睡眠环境，并且调整心理状态。在必要时还应当口服一些促进睡眠的药物调理，当睡眠时间充足后后脑勺疼痛的症状会缓解。
如果存在颈椎病，也容易引起睡醒后后脑勺疼痛，可能是存在椎动脉型以及交感神经型的颈椎病，可以通过颈椎牵引、制动等方式改善。
对于感冒所引起的后脑勺疼痛，主要是口服抗感冒药物进行治疗。