亚临床甲减一般是指甲状腺激素水平尚在正常范围内，但是促甲状腺激素水平偏高的状态，部分患者不经过特殊治疗便可自行恢复正常。而桥本氏甲减通常是甲状腺激素水平低下，同时伴随促甲状腺激素水平的升高，大多数患者都需要进行外源性甲状腺激素的补充，来恢复甲状腺功能。
亚临床甲减通常发生于甲状腺疾病，造成甲状腺组织轻度破坏时。比如亚急性甲状腺炎造成的甲状腺组织被破坏而出现，也可见于机体摄入碘不足，导致甲状腺激素合成不足时，反馈性刺激促甲状腺激素的分泌增多。
而桥本甲状腺炎的病因较为明确，是由于甲状腺自身抗体水平升高破坏甲状腺组织所导致。