由于肝脏接受肝动脉和门静脉的双重血供，通过丰富的胆道血供和单核巨噬细胞系统的强吞噬作用。可以杀死入侵的细菌，阻止其生长，因此细菌性肝脓肿的发生率不高。
但是当机体抵抗力较弱时，侵入性化脓细菌可引起肝脏感染和脓肿。引起细菌性肝脓肿最常见的病原菌是变形杆菌、大肠杆菌和绿脓杆菌。儿童则是金黄色葡萄球菌和链球菌。
小脓肿经及时适当的治疗后，可被机体吸收。如果治疗不及时或细菌毒性强，小脓肿可融合成单个或多个大脓肿。