范可尼综合症的治疗分为病因治疗和对症治疗。病因治疗是针对能够治疗的基础疾病进行积极的治疗，如用糖皮质激素治疗干燥综合征以及重金属中毒实施促毒物排泄的治疗等。随着基础疾病好转，部分范可尼综合症的患者的病情也有所减轻。而对症治疗包括针对肾小管酸中毒的治疗，应给予碱性药物纠正酸中毒，如枸橼酸与枸橼酸钾合剂以及碳酸氢钠等等。
还有针对低钾血症给予补充钾盐治疗，针对严重的低磷血症可以补充中性磷酸盐，并给予骨化三醇，如此也能防止骨病。而肾性糖尿、氨基酸尿以及低尿酸血症的患者一般不需要进行治疗。