微小病变肾病需与临床上其他肾小球疾病相鉴别。
首先需与非IgA系膜增生性肾小球肾炎相鉴别。非IgA系膜增生性肾小球肾炎表现为肾病综合征的患者与微小病变肾病的临床特点非常相似，部分患者可有比较突出的血尿。光镜下可以见到弥漫性系膜细胞及基质增生，免疫荧光可以见到IgG、IgM、C3的沉积。电镜下可见电子致密物在系膜区沉积，以此可以与微小病变型肾病相鉴别。
若仅有轻度系膜增生而免疫荧光阴性应归入微小病变肾病。此外，微小病变肾病还需要与局灶节段性肾小球硬化相鉴别。局灶节段性肾小球硬化，由于本病是局灶节段性特点，因而可能在肾活检或病理切片时未取到节节段性硬化的肾小球而被误诊为微小病变肾病，因此要求光镜至少有10个以上肾小球。还有一些线索可以帮助诊断，微小病变肾病长期不缓解是否能转为局灶节段性肾小球硬化至今仍不明了。
此外，还需要与IgA肾病相鉴别。典型患者不易与微小病变肾病混淆，但是有一部分IgA肾病患者表现为肾病综合征。光镜下无明显病变或仅有轻度系膜增生,电镜下可见广泛的足突消失及电子致密物在系膜区沉积。但免疫荧光以IgA沉积为主可以鉴别诊断。
此外，微小病变肾病还需要与膜性肾病相鉴别。早期膜性肾病光镜下可表现为肾小球大致正常,与微小病变肾病相近，但免疫荧光可见IgG沿毛细血管壁颗粒样沉积以及电镜下可以见到电子致密物在上皮下沉积，可以进行鉴别。