肝内胆管结晶根据有无产生症状而进行不同的治疗。
肝内胆管结晶就是肝内胆管结石，只是该种结石成分主要是由于无机盐结晶沉积在肝内胆管壁上形成。而对于肝内胆管结晶患者，如果没有引起任何症状，包括发热、腹痛、黄疸等，只需要门诊定期随访肝脏B超即可，并不需要特殊处理。
但是如果肝内胆管结晶引起了胆道感染或者梗阻性黄疸，如发热、腹痛、皮肤巩膜黄染、尿色加深症状，则需要进行治疗。目前，治疗肝内胆管结晶的主要方案是ERCP取石，将内镜经十二指肠乳头进入到胆管进行取石等介入治疗。这类手术创伤小，并发症少。