肝内胆管壁结晶，首先服用溶解胆固醇晶体的药物。因为肝内胆管壁结晶通常为肝内胆管壁结石，是由于胆汁酸排泄比例失衡引起，可以适当服用消炎利胆的药物。同时，应该适当降低胆固醇，保持规律的饮食，养成良好的饮食习惯。
可以选择进行手术治疗，进行微创保肝手术将结石取出。使用ERCP内镜进入胆总管，经过肝脏内部的胆管球囊扩张到达胆管，将结石取出。还可以将胆管切开进行手术，进行胆肠内的引流，达到更好的治疗效果。