真菌性食管炎的患者，也不是必须要进行活检。如果有食管炎的症状，有不合理的使用抗生素的病史，有吃发霉食物的病史，并且患者存在免疫缺陷病的患者，以及体质差的患者，都有可能导致真菌性食管炎。
但是最有力的确诊证据还是进行活检，在食管炎部位取出炎性组织，然后进行涂片检查。如果在里面发现真菌，就可以确诊是真菌性食管炎了。
不过在临床，很多情况下也可以做临床诊断，特别是进行食管镜的检查的时候，会发现真菌感染的特有的炎性改变。