HPV四阶疫苗是否比二阶好，要根据不同年龄段的接种人群而论。对于9~20岁年龄段、没有过性生活的女性，两种规格的疫苗的预防作用是相同的。对于20~45岁年龄段、有性生活的女性，接种四阶疫苗比二阶好，四阶疫苗针对的人乳头瘤病毒亚型比二阶多，适用的人群范围比二阶广，预防的疾病比二阶多。
HPV二阶疫苗是针对两个高危型人乳头瘤病毒HPV16和HPV18，70%的宫颈癌是由HPV16和HPV18感染而引起的。女性接种HPV二阶疫苗可以有效预防70%的宫颈癌，HPV二阶疫苗适用于9~45岁年龄段的女性。
HPV四阶疫苗是在二阶的基础上增加两个低危型人乳头瘤病毒HPV6和HPV11，HPV6和HPV11主要引起男、女生殖器皮肤病和性病，90%的尖锐湿疣是由HPV6和HPV11感染而引起的。接种HPV四阶疫苗可以有效预防70%的宫颈癌和90%的尖锐湿疣，HPV四阶疫苗适用于20~45岁年龄段的女性。