肛瘘的主要症状，就是从肛门皮肤上的外口，反复的淋漓不断的向外流脓或脓血样物。肛瘘病人有局部流脓，肛门湿痒，疼痛。肿块急性期甚至有发热，消瘦，贫血，食欲不振等全身症状。
有的患者因长期的慢性炎症刺激，细菌感染，药物刺激等发生恶性病变。肛瘘不能自愈，如果不治疗，还会反复发作。肛周脓肿，因此必须手术治疗。
手术治疗的原则是正确寻找并确定内口，最小或是不切断外括约肌，防止术后肛门失禁。创面要保证底小口大，方便引流，从而使切口愈合良好。避免因假性愈合导致再次形成肛瘘。