肛瘘一般并不会出现出血。少数的肛瘘患者也会导致出血症状，常见的原因有以下几个：
第一，当肛瘘内出现急性感染，而感染破溃至血管时，就有可能会导致瘘管内出现出血。
第二，一些肛瘘外口会暂时愈合，此时肛瘘瘘管内再次出现感染时，就会导致大量脓液积存于瘘管内，压力就会偏高。然后外口会破溃，瘘管内的脓液就会经外口流出，瘘管压力突然降低，有可能会导致瘘管内因低压而出现出血。
第三，内口和外口会因为反复的感染导致局部肉芽增生。肉芽组织比较脆嫩会因为受摩擦而导致出血。